마블 편집부가 주관한 ‘서머 이벤트’ 3부작 중 3부에 해당하는 작품으로 1부는 <어벤저스: 해체> 2부는 <하우스 오브 엠>이다. ‘스크럴’은 모습을 바꿀 수 있는 외계종족으로, 그중 일부는 타인의 능력을 복제할 수도 있다. <시크릿 인베이전>에서는 이와 같은 스크럴의 설정을 반영해서 마블 유니버스의 히어로들이 비밀리에 스크럴로 뒤바뀌어 있다가 지구침략을 감행한다는 이야기가 전개된다. 스크럴은 이미 지구가 스크럴 제국의 일부라 믿고 있으며 그들의 신성한 권리를 행사하는데 방해가 되는 초능력 히어로들만 제거하면 지구를 자신들의 수중에 넣을 수 있으리라 여긴다. 누가 스크럴이고 누구를 믿을 수 있는가 하는 의문으로 고민하고 갈등하는 히어로들의 모습과 극적인 반전이 기다리고 있는데…. 과연 마블 유니버스의 히어로들은 스크럴들을 색출하고 평화를 회복할 수 있을 것인가?